Преподобный Нил Столобенский родился в конце XV столетия, недалеко от Великого Новгорода. К сожалению, как его звали в миру сейчас уже неизвестно, как и то, кем были его родители. Известно только, что после их смерти он отправился в Иоанно-Богословский Крыпецкий монастырь, который находился около Пскова. Там он принял постриг под именем Нил, в честь преподобного Нила Постника.
В 1515 году преподобный Нил покинул Крыпецкий монастырь и срубил в лесу, во Ржевском уезде у реки Серемхи, небольшую келью. Жил уединённо, питался травами и дубовыми желудями, всё время проводил в молитвах.
По преданию, в один из дней к преподобному Нилу пришли разбойники, решившие его убить. Однако он, сотворив молитву, вышел к ним с иконой Пресвятой Богородицы. Разбойникам привиделось, что преподобный окружён множеством вооружённых людей. В ужасе они упали к его ногам, раскаялись и стали просить прощения.
Постепенно слава об отшельнике разнеслась по окресным селениям. Люди стали приходить к нему, прося молитв и наставлений. Такая молва стала тяготить преподобного, и через 13 лет после поселения у реки Серемхи, в 1528 году, он перебирается на новое место — остров Столобный на озере Селигер, в 7-ми верстах от Осташкова. Первый год живёт в выкопанной землянке, потом строит себе келью и часовню для молитв. По легенде, дьявол многократно насылал различные напасти на отшельника — пожары, нападения разбойников, пытался сбросить его келью в озеро. Однако, Преподобный Нил оставался непреклонен, преодолевая все нападения молитвой и верой.
Всего преподобный Нил прожил на острове 27 лет и перед смертью завещал построить на этом месте монастырь, что и было позже сделано. Существует поверье, что преподобный Нил дал обет нележания, в связи с чем никогда не находился в горизонтальном состоянии. И даже спал, подвесив себя за плечи веревками.
Монастырь
В 1594 году монастырь открылся, получив по грамоте Патриарха Московского и всея Руси Иова название Нилова пустынь от имени преподобного Нила. Первым его настоятелем, со званием строителя стал преподобный иеромонах Герман из братии Николаевского Рожковского монастыря. Он собрал полные сведения о жизни преподобного Нила.
С 1764 года обитель внесена в разряд первоклассных монастырей России. В нем все было в благоустроенном виде: порядок отправления Богослужения, жизнь братии, прием богомольцев, точное исполнение послушаний. Общежительный устав, принятый при устроителе Германе, соблюдался неизменно.
Нилова Пустынь почиталась ещй и потому, что в ней сохранился дух древних монастырей.
В 1766 году дано повеление всех живущих в монастыре с надеждою пострижения обучать какому-нибудь мастерству, например, столярному, слесарному, сапожному, портному и другим профессиям, которыми они могли бы заниматься в пользу монастыря и тем предохранить себя от пагубной для них праздности.
Многие стремились под кров обители, чтобы посвятить себя иноческой жизни. Много также было людей, которые не принимали на себя обета монашества и жили в устроенных на собственные средства кельях. Они помогали своими вкладами монастырю, несли послушания, к каким были способны. Так, например, ржевский купец, бывший придворным комиссаром, Иван Иванович Образцов в преклонных летах был чтецом Синодика; секунд-майор Иван Сергеевич Челищев служил монастырю имуществом: он построил каменную церковь во имя Собора Святого Иоанна Предтечи.
В Ниловой Пустыни было много и трудников, семей крестьян, которые своим безвозмездным трудом служили обители..
Монастырь владел многими землями, озерами, лесными угодьями, подворьями в Осташкове, Твери, Москве. Многие русские государи делали пожертвования в пользу обители. Царь Алексей Михайлович в 1666 году подарил в Нилову Пустынь колокол; Федор Алексеевич - водосвятную чашу; Екатерина II - покров; царица Наталия Кирилловна - ризу; Александр I - крест золотой... В Нилову Пустынь стремились, чтобы приобщиться, хотя бы на время, к созерцанию духовной красоты, и это было, пожалуй, главным, основным.
В монастыре находилась чудотворная икона Преп. Нила, написанная в 1595 году Иовом и Нифонтом.
Преемником первого настоятеля стал преподобный Нектарий (Теляшин), впоследствии святитель Тобольский, снискавший почет и уважение даже со стороны царственных особ и государственных сановников. При нем Нилова пустынь отстроилась, его стараниями была собрана немалая на ту пору библиотека. Когда старые здания сгорели в 1665 году, святитель Нектарий положил начало каменному строительству, получив разрешение и денежное пособие царя Алексея Михайловича на возведение Богоявленского собора. Именно там были позже захоронены нетленные мощи преподобного Нила Cтолобенского, чудотворца, обретенные уже после кончины святителя Нектария, в 1667 году.
Благодаря пожертвованиям и богатым вкладам в казну монастыря, которые охотно делали власть предержащие, Нилова пустынь постепенно обрастала каменными строениями, задуманными некогда преподобным Нектарием. В 18 веке строительство несколько замедлилось, а число насельников сократилось. Но уже в 19 веке огромное стечение богомольцев заставляет приступить к сооружению нового, более обширного соборного храма с трехъярусной колокольней на месте прежнего Богоявленского собора. (см фотографию храма за спиной статуи Нила)
Этот проект разрабатывался для строительства Исаакиевского собора в Санкт-Петербурге, но был воплощен в жизнь здесь, на острове Столобенный. Храм по своей пышности и великолепию превосходил многие позднеклассические сооружения столичной архитектуры. Его украшал серебряный вызолоченный престол в три пуда весом и серебряные чеканные прорезные Царские врата более десяти пудов. Древние иконы в богатых киотах и ризах тускло поблескивали при свете паникадила в 120 свечей, украшенных искусно вылитыми барельефами.
В 28 году Нилову пустынь закрыли. В 30-х годах там была детская колония.Позже в монастыре содержались польские военнопленные офицеры (всех их тайно расстреляли). Во время войны был госпиталь, а после опять колония для несовершеннолетних.
В 60-70 годах эту территорию передали дому престарелых и инвалидов,а позже в монастыре распологалась турбаза.
В 1991 году обитель возвращена Церкви и с этого времени восстанавливается, в ней совершаются богослужения. В 1995 году в пустынь вернулись мощи преподобного Нила Столобенского